海南省妇幼保健院院前身是广东省海南行政区妇幼保健院，始建于1978年海南建省后改为海南省妇幼保健院，是全省单一一家临床、预防保健、科研教学于一体的省级医疗保健机构.在各级领导的关心和支持下，经过二十多年的建设，医院的基础设施条件大为改观，特别是1999年7月我院被确定为全省卫生系统机构与人事制度改革试点以来，在医院领导班子的率领下，全院职工群策群力，医院各项工作都取得了显著的成就，业务科室从儿童保健、妇女保健、儿科、妇产科四个科室发展到现在的儿童保健、妇女保健、口腔保健、五官保健、眼保健、皮肤科等门诊科室，儿内科、小儿外科（含乳腺外科）、妇科、产科三个病房，医技科室有：检验科、药剂科、放射科、B超心电图室、脑电图室。
多年来，在省委、省政府、省卫生厅的关心和支持下，在全省18个市县卫生局和妇幼保健院（所、站）的大力协助下，我院坚持“以生殖健康为目的、以保健为中心、保健与临床相结合、面向基层、面向群体”的办院方向，落实“以保健为中心、临床为基础、保健带临床、临床促保健”的建设发展思路，坚持全心全意为妇女、儿童健康服务的宗旨，在基层妇女保健工作中提出了以卫IX项目为契机，以创建爱婴医院为突破口，以产房建设为重点，以提高住院分娩率，降低孕产妇死亡率，0—6岁基层儿童死亡率为目的，加强对基层的规范化指导力度，对全省18个市县妇幼保健机构进行分级分类指导，力争建成一个“以省保健院为中心，各市县妇女保健院（所、站）为枢纽，各乡镇卫生为基础，覆盖全省”的大保健网络。
海南省妇幼保健院于2000年3月27日与北大一院、中国医科大学和沈阳医学院三所高等院校建立合作关系，两年来，三所大学已派出近50名专家来我院传、帮、带，进行业务指导，大大地提高了我院的社会知名度，使我院临床保健水平有了明显提高，在北大一院的帮助下我院建起了新生儿病房、开设了更年期保健门诊，在中国医科大学专家的帮助下，我院开展了儿童感觉统合失调训练、孤独症、语音障碍等训练中心，填补了省内空白。妇产科为加强基层产科水平，成立了胎儿远程监护中心，并成功地与临高、儋州、保亭保健院进行联网，取得了较好效果。在中国医科大学、沈阳医学院专家的帮助下，开设了儿外科，并开展了乳腺外科、小儿外科的手术业务，目前我院运用微型腹腔镜开展小儿外科疾病治疗填补了我省空白。
海南省妇幼保健院正在筹建中的海南省妇女儿童医院，将积极开展妇产科、儿科的临床实践，努力做到重症、难症不出省就可以医治，并根据临床和保健实际进行妇产科、儿科的临床基础研究，以此指导实践，解决实践问题，努力使我院成为全省妇产科、儿科的技术指导中心、培训中心和教学基地。此外，我院还希望通过临床基础研究、临床实践以及实验室研究为妇幼保健工作提供新思路、新方法、推广临床适宜技术，在实际工作中努力降低孕产妇死亡率，婴儿死亡率及5岁以下儿童的死亡率，真正为海南省的妇女儿童造福。